Từ 12 tháng 1 đến 11 tháng 4 năm 2005, Thích Nhất Hạnh quay về Việt Nam sau một loạt các thương lượng cho phép ông thuyết giảng, một số sách của ông được xuất bản bằng tiếng Việt, và cho phép 100 tăng ni và 90 thành viên khác của dòng tu theo ông đi khắp đất nước, bao gồm cả chuyến quay về ngôi chùa ông xuất gia, chùa Từ Hiếu ở Huế[16][20].

Năm 2007, ông cùng phái đoàn Phật giáo quốc tế thuộc tăng thân Làng Mai trở về Việt Nam với lịch trình từ ngày 20 tháng 2 (mùng 4 Tết) đến ngày 9 tháng 5, mục đích tổ chức các khóa tu, các buổi pháp thoại, gặp gỡ các tăng ni phật tử ba miền[21]. Đầu năm 2007, với sự đồng ý của Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam, ông tổ chức ba trai đàn chẩn tế lớn tại ba miền Việt Nam gọi là "Đại trai đàn Chẩn tế Giải oan" cầu nguyện và giải trừ oan khổ cho tất cả những ai đã từng gánh chịu hậu quả khắc nghiệt của cuộc chiến tranh, dù đã qua đời hay còn tại thế, không phân biệt tôn giáo, chính trị, chủng tộc.[22]

Trong vụ mâu thuẫn ở tu viện Bát Nhã, các tu sinh của thiền sư tại tu viện đã bị quấy nhiễu và hăm dọa bằng vũ lực, tu viện bị đập phá, cắt điện, nước, điện thoại và cô lập. Tuy nhiên, Thích Nhất Hạnh đã từ chối làm vụ việc thêm rắc rối và dạy các tu sinh nên chế ngự cơn giận nhằm mang lại sự thấu hiểu và tình yêu thương.[23][24]

Năm 2015, trả lời phỏng vấn của BBC, ông Võ Văn Ái, nhà vận động cho nhân quyền và tự do tôn giáo của Việt Nam, khi đó đang là phát ngôn nhân của GHPGVNTN[25], chuyến trở về Việt Nam sau 1975 là "mưu đồ là thành lập một tổ chức Phật giáo thứ ba, là bởi vì Giáo hội Phật giáo Việt Nam của nhà nước lập ra năm 1981 không đáp ứng điều mà Đảng trông chờ, tức là nắm cho được quần chúng Phật giáo toàn bộ."[26] Tuy nhiên ông Võ Văn Ái đã không chỉ ra được những dẫn chứng cụ thể nào cho nhận định của mình.[26]